對果樹產量的影響 在蘋果、柑橘、桃、葡萄、李子、梨等果樹上的研究結果表明，施用微生物肥料有效增加了果實單果重并顯著提高了單位面積產量，果園施用微生物肥料后，蘋果、桃、葡萄、李子的產量，分別增產29.8%、27.7%、12.6%、21.1%；同時單果重增加明顯，蘋果增加35.9%，葡萄增加28.4%。
對樹體生長發育的影響 研究表明，設施桃樹上施用微生物肥料后，顯著提高了土壤溫度，10厘米根際土壤溫度平均升高2.2℃；促進了土壤表層根系的發生與生長，細根數量比對照增加1.5倍；明顯提高了桃的坐果率，比對照提高45.6%；成熟期提前，比對照早熟10~12天。在設施草莓上施用微生物肥料后，植株生長明顯改善，所有指標均高于對照。
對土壤理化性質的影響 研究結果表明，施用微生物肥料后，果園土壤容重變小，土壤孔隙度增大，增加了土壤微生物數量，土壤透氣性得到改善，有機質含量明顯提高，土壤供氮和供磷能力增強，土壤酸堿性得到改善，有利于土壤中養分的釋放。在盆栽葡萄上的研究結果表明，施用微生物肥料后，盆栽葡萄土壤中放射菌和細菌等有益菌的數量明顯增加，其中放射菌含量達到7.6×108，是雞糞和牛糞的200多倍，比羊糞也高出80多倍。
微生物肥施用“八注意”
1.微生物肥料對土壤條件要求比較嚴格，施入后需要一個適應、生長、供養、繁殖的過程，一般15天后才能發揮作用。
2.微生物肥料適宜施用的時間是清晨和傍晚或無雨陰天，這樣可以避免陽光中的紫外線將微生物殺死。
3.微生物肥料應避免高溫干旱條件下施用，并且注意溫、濕度的變化。高溫干旱條件下，微生物生存和繁殖會受到影響，不能充分發揮其作用。
4.微生物肥料不能長期泡在水中，微生物肥料適合的土壤含水量為50%～70%。
5.微生物肥料可以單獨施用，也可以與其他肥料混合施用。但應避免與未腐熟的農家肥混用，以防高溫殺死微生物，影響肥效。
6.微生物肥料應避免與農藥同時施用�；瘜W農藥都會不同程度地抑制微生物的生長和繁殖，甚至殺死微生物。微生物肥料不宜久放，拆包后要及時施用。
7.避免盲目施用微生物肥料。微生物肥料主要是提供有益的微生物群落，而不是以提供礦質營養養分為主，因此微生物肥料不可能完全代替常用肥料。
8.注意微生物肥料的肥效條件。微生物肥料肥效的發揮既受其自身因素的影響，如肥料中所含有效菌數、活性大小等質量因素，又受到外界其他因子的制約，如土壤水分、有機質、pH值等影響，因此微生物肥料從選擇到應用都應注意合理性。（中肥）
蘋果園施用微生物菌肥有講究
1、選購微生物菌肥時，要注意生產日期，不用過期產品，一般超過生產日期1年的生物菌肥活性就會顯著降低。
2、看微生物菌肥有無農業部登記證，正規生產廠家的產品都應該有農業部登記證號，省級農業廳不批準生物菌肥登記。所以凡是印有××省農肥登記的生物菌肥都是假冒產品，嚴防普通有機肥冒充生物菌肥。
3、微生物菌肥還要看活菌數量是否符合國家規定，國家規定生物菌劑有效活菌數≥2億/克，顆粒狀的≥1億/克，符合生物肥料和微生物肥料的有效活菌數≥2000萬/克。
4、微生物菌肥不宜與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑同時使用，也不要在使用生物菌肥后再實行土壤消毒。
5、生物菌肥施入土壤后，有一個菌群繁殖壯大的過程，因此，在蘋果樹根系開始生長前使用。（中化）
柑橘如何施用微生物菌肥
微生物菌肥可充分滿足柑橘對各種營養元素的需求，多施微生物菌肥是生產無公害食品柑橘的重要措施。
一、重施冬肥 在采果前后，結合深耕改土，重施微生物菌肥，對恢復樹勢，促進花芽分化有顯著的作用。
二、早施春肥 在柑橘春芽萌動前（2月下旬至3月上旬）施用生物菌肥，可大大滿足柑橘的生長對氮、磷肥的需要，有壯梢和提高花枝質量（增加花枝的葉片數和葉面積）的作用，可促進新梢正常萌發和供給果實發育所需的養分。
三、巧施果肥 5月中、下旬施用生物菌肥，其包含氮磷鉀等多種微量元素，可補償開花所消耗的養分和使幼果得到足夠的營養，減少落果，提高座果率。但必須注意：應根據樹勢生長和土壤、天氣的情況，確定施肥的種類、濃度和方法。干旱季節，首先應進行澆水，保持土壤濕潤，然后施肥，利于根系吸收，達到“水促肥”的效果。
四、根外施肥 根外施肥是利用葉片的氣孔和角質層直接滲入養分的一種追肥方法，具有見效快，吸收利用率高等優點。在花蕾期、開花期、幼果期，用溶于水的微生物菌劑進行根外施肥，可提高座果率和利于果實膨大發育。
